Questo comune è uno dei centri maggiori della Polesana, uno dei pochi che sopravvissero alle rovinose lotte ed ai flagelli che sconvolsero la penisola istriana nel corso dei millenni.
Fu il più ricco ed il più importante insediamento della Polesana durante tutto il medioevo. Sono ancora oggi visibili la bella campagna, i pascoli ed i boschetti alquanto radi mentre si viaggia lungo le strade di questo altipiano.

Qui, in questo luogo, vennero trovate molte testimonianze della presenza romana: una lapide, che andò perduta alla fine dell'altro secolo, ricordava un monumento che Capria L. F. Rutila ordinò, per testamento, fosse eretta a P. F. Rutilae, ad arbitrio dei Flamini. Vennero alla luce numerosi frammenti di colonne, sarcofaghi e capitelli.

Tra il 1198 e il 1199 Sissano, per volere dei vescovi di Pola, che godevano delle sue decime passò a far parte del "feudo Morosini", così fu chiamato allora quell'insieme di località della Polesana cedute dal vescovo Ubaldo al podestà di Pola, il nobile Ruggero Morosini.

Nel 1252 il patriarca di Aquileia, divenuto marchese d'Istria, si appropriò di questi beni e li devolse, Sissano compreso, ai nobili Sergi di Pola, più tardi conosciuti come Castropola. Questo diritto feudale su Sissano venne tolto ai Castropola dai patriarchi, nel 1300, e l'anno successivo il feudo fu accorpato ai possedimenti facenti parte della Regalia di Dignano, i cui benefici erano a favore dei patriarchi.

Le contrade poste attorno a Sissano furono interessate, a partire dal XVI secolo, agli insediamenti di nuove famiglie slave che vennero sistemate nei casolari abbandonati e furono investite dei campi di terra coltivabili ed aiutate con merci, bestiame e denari. Nel 1585 il provveditore Renier concesse terreni di Sissano ai due fratelli Ca' da Chiozza da Retimno, un sito dell'isola di Creta, allora chiamata Candia. Altri appezzamenti vennero affidati a Michiel Pandimò, pure di Retimno.

Il tratto di costa che interessa il territorio di Sissano, bellissimo ed interessante per le sue calette e per la limpidezza delle acque, dalla valle Malagata o Malegalta situata al limite del confine di Altura, scende nella valle Bus della Vecchia, quindi in val Pozzo Mortesin, che è delimitata a sud dalla punta di S. Stefano e dall'omonimo, piccolo e caratteristico porticciolo che si trova sul lato meridionale della punta, al riparo della bora.

All'estremo limite meridionale e orientale del territiorio di Sissano si alza il monte Madonna, alto 91 m con una magnifica vista sul Quarnero e sulle isole di Cherso e di Lussino. Qui esisteva un ampio castelliere preistorico a doppia cinta.

Fra le case del paese, alcune delle quali sono vuote ed abbandonate, si può scorgere qualche rozza rappresentazione di sculture di lapicidi locali sulle architravi e nei sottotetti di queste vecchie costruzioni, risalenti al XVI secolo, in pietra calcarea a vista, di architettura semplice, modesta ma di tutto riposo. Qualche casa si può, forse, per certi aspetti, far risalire al XIV secolo. Si può vedere anche qualche monoforo intagliato in pietra bianca, ad arco trilobato, gotico veneziano, sulle case più antiche. Erano ancora visibili nei primi anni di questo secolo, accanto alla chiesa, le rovine di un grande edificio medioevale chiamato Castello di Sissano. Sembra che queste rovine siano derivate dall'edificio dell'amministrazione dei Castropola, al tempo in cui godevano dell'investitura feudale.