Nell'estrema parte meridionale dell'agro di Pola, su un rialzo del terreno della bassa Polesana, a 61 m di quota, sorge il villaggio di Lisignano. Anche questo è uno di quei pochi paesi, esattamente dodici, che riuscirono a sopravvivere alle pestilenze che imperarono dal XIII al XVII secolo. È un villaggio la cui origine è datata al I secolo a.C. quando l'agro di Pola venne diviso in centurie che vennero cedute in proprietà ai legionari romani ormai alla fine della loro carriera militare. Lisignano perciò, ebbe, al tempo di Roma, il nome Licinianum o forse Liciniana, ed appartenne ad una "sors" della gente Licinia.

Numerosi ritrovamenti di quell'epoca, quali murature, monete, sepolcri e pietre scolpite attestano l'esistenza e testimoniano l'importanza che ebbe questa località.

Le cose più notevoli reperite sono due tombe trovate nella campagna a sud-ovest del villaggio; una delle due conteneva un'urna di vetro. Fu trovata anche un'ara marmorea, che si trova al museo di Pola, in cui si parla di un santuario di Libero Augusto restaurato a spese di uno schiavo imperiale, probabilmente addetto a qualche predio imperiale in questo territorio.

Lisignano è nominato nel 1149 come Lisianum, nell'atto di obbedienza a Venezia firmato a Pola in quell'anno.
Lisignano è nominato ancora nel 1243 quando assieme a Pola distrutta dai Veneziani, un certo Redulfus de Lisignolo dovette firmare un atto di amicizia con la città veneta. Da tale documento risulta che ancora nel 1243 Lisignano aveva una popolazione italiana.

Nel 1581, sotto la reggenza del provveditore veneto Marin Malipiero, arrivarono le prime famiglie slave profughe dalla Dalmazia e furono insediate nelle case e nelle campagne abbandonate situate sul confine di Sissano.

Lisignano si trova in una splendida posizione con una vista panoramica eccezionale sul promontorio delle Merlere che si spinge nel Quarnero. È un terreno carsico, ricco di erbe odorose e poco guastato da insediamenti umani; anche lungo la costa disabitata la natura si è mantenuta praticamente intatta. Il borgo ha ancora le sue antiche case in pietra calcarea a vista, qualcuna purtroppo in rovina causa l'esodo diparte degli abitanti. Nel paese un campanile alto 30 m, attaccato alla chiesa parrocchiale dedicata a S. Martino, spunta alto e bianco sopra le basse case.